最近投篇文章文章到JAFC,要求把转录组数据传到公共数据库,大部分人的选择应当都是传到NCBI了。
记录下我传转录组数据到NCBI的经历,备以后待查。
NCBI数据库地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
毫无疑问,先自己注册一个账号,我直接使用ORD...
百蔬君
8个月前 (04-01) 4190℃ 0评论
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做方差分析,聚类分析是做科学研究的必备技能。之前做方差分析,都是用的南京农大编写的“方差分析2013”,界面可视化,简单好用。最近需要做聚类分析,想要做一个树形图,一下子还不知道从哪里下手,慌的一批,我可是5年前还专门写过SAS的学术分析文章的,造成这个局面的主要原因就是当时没有...
百蔬君
3年前 (2022-01-13) 5273℃ 0评论
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记录一下使用joinmap定位目标性状位置的操作。
对目标性状进行定位使用的软件是Joinmap 4.0,网上面有很多特别版,都是可以使用的。软件界面如下
目前市面上大部人使用的应当都还是韩国忠南大学的这个授权码
做定位之前需要准备一下资料
1,目标群体相关性状的田间调查结果,...
百蔬君
3年前 (2021-11-11) 22358℃ 34评论
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csj009的我的研究目标,其果色与csj010及参考组zunla均不同。需要筛选亲本间不同的位点,来设计引物,打开我的目标染色体,发现这个染色体有230多mb,位点大概有1907252个,光突变位点文件就有355mb,那是相当的大,按照导师的要求,每5mb找3个亲本间不同的in...
百蔬君
4年前 (2020-12-01) 2988℃ 0评论
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ANNOVAR是华人王凯写的用于snp等变异位点注释的软件,说实话,这个东东还真难下载,摸索了好几天,总算中了彩票。
ANNOVAR的下载
下载地址在:
http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/down...
百蔬君
5年前 (2020-06-11) 10567℃ 0评论
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这几天折腾snpeff的事情,感觉比annovar好用些。
我得环境是conda,安装snpeff命令
conda install snpeff
然后查找有没有需要的库,我安装的是snpeff4.5
安装指定版本方法
conda install snpeff=4.5
这是...
百蔬君
5年前 (2020-05-25) 7703℃ 0评论
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对于搞学术研究的同志来说,Google Scholar的使用是不可避免的,其功能的强大让人无法舍弃。但是由于众所周知的原因,我们访问google主站(https://scholar.google.com)是有一点困难的,可以说是无法访问。所以一致以来我都使用香港分站的google...
百蔬君
5年前 (2019-09-26) 57247℃ 13评论
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excel是个好工具,一般来说,我们求差求和比较多,求差值就是在一个空列的第一行,输入你想寻求差值的位置,然后相减就行了。
比如我想求d2和e2的差值,那么我另起一列,选择h2的位置,然后在上面的命令栏中输入“=d2-e2″,点击enter键就可以求得d2和e2的差...
百蔬君
5年前 (2019-09-19) 9518℃ 0评论
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随着年龄的增长,很多事情不记下来又很容易忘记,还是老话说的好,“好记性不如乱笔头”,于是又把我前几天遇到的一件事乖乖的记下来,以供以后参考。
BSA分析的相关结果数据是很大的,特别是筛选出来的那些候选基因位置和注释文件,没有过滤之前动不动就是几百M。
前几天我用excel打开一个...
百蔬君
5年前 (2019-09-18) 22366℃ 0评论
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BSA分析查找极端差异表现基因的方法,与参考基因组进行比对当前样本的差异变化,首先需要对测序回来的数据进行数据质控、与参考基因组进行比对、然后检测编译,最后绘图。
一,数据质控
我用的fastp,多线程,和html报告
fastp -q 15 -u 40 -M 0 -n 5 -l...
百蔬君
5年前 (2019-07-25) 593414℃ 10评论
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