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【原创文章】生信软件环境conda的安装与卸载

生物信息 百蔬君 295℃ 已收录 0评论

 

conda是生物信息分析必备的环境,继承了很多优秀的软件,关键是解决了依赖包的问题,很好用。记录一下我安装conda的心得。

conda有miniconda和anaconda,我推荐还是使用miniconda吧,自己去安装一些东西,可能好使用一些。

conda的下载

https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

下载对应版本即可,我下载的是linux的64位版本。

进入/root目录
cd /root

下载conda:
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

conda的安装

安装命令:
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

一路安装下来,最后一步,一般选择no,不把conda加入环境,避免启动系统的时候就加载conda,后面我们想办法,让他在需要的时候再启动。

个人习惯,我喜欢把我的东西放到一个比较大的挂载分区,一般不和系统放在一起。

我把conda安装到/www/soft/miniconda2

安装完成之后,输入命令:

cd  /www/soft/miniconda2/bin

chmod 777 activate

然后把conda启动:

. ./activate

然后建立单独的自用环境

conda create -n pepper python=2

聪明人一眼就可以看出来,建立环境的作用就是可以区分python,分别建立python2和python3的环境,那么在不同的环境就可以使用不同版本python的软件。

然后把这个环境的启动加入bashrc。

输入命令:

vim ~/.bashrc

insert以下命令:

alias condapepper='. /www/soft/miniconda2/bin/activate pepper'

重新加载一次系统配置使得alias命令生效

source ~/.bashrc

重启一样的效果。

然后输入命令

condapepper

成功启动conda的pepper环境。

加入频道

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda的卸载

如果你是想卸载conda然后重装,那么最好先关闭相关目录进程

运行命令

fuser -km /www/soft/miniconda2/

然后

rm -rf  /www/soft/miniconda2/

 

完了

 

 

 

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