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【原创文章】生信软件环境conda的安装与卸载

数据分析 百蔬君 8619℃ 已收录 0评论

 

conda是生物信息分析必备的环境,集成了很多优秀的软件,关键是解决了依赖包的问题,很好用。记录一下我安装conda的心得。

conda有miniconda和anaconda,我推荐还是使用miniconda吧,自己去安装一些东西,可能好使用一些。

conda的下载

https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

下载对应版本即可,我下载的是linux的64位版本。

进入/root目录
cd /root

下载conda:
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

conda的安装

安装命令:
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

一路安装下来,最后一步,一般选择no,不把conda加入环境,避免启动系统的时候就加载conda,后面我们想办法,让他在需要的时候再启动。

如果没有选择no取消自动启动,那么登录shell的时候自动进去base环境,我们可以运行命令conda config --set auto_activate_base false来取消,如果反悔了,可以使用命令conda config --set auto_activate_base true来重新自动进入base环境。

个人习惯,我喜欢把我的东西放到一个比较大的挂载分区,一般不和系统放在一起。

我把conda安装到/www/soft/miniconda3

安装完成之后,输入命令:

cd  /www/soft/miniconda3/bin

chmod 777 activate

然后把conda启动:

. ./activate

然后建立单独的自用环境

conda create -n pepper python=2

聪明人一眼就可以看出来,建立环境的作用就是可以区分python,分别建立python2和python3的环境,那么在不同的环境就可以使用不同版本python的软件。

然后把这个环境的启动加入bashrc。

输入命令:

vim ~/.bashrc

insert以下命令:

alias condapepper='. /www/soft/miniconda3/bin/activate pepper'

也可以把这条命令单独放一行,重新加载一次系统配置使得alias命令生效,并且自动进去pepper环境

source ~/.bashrc

重启一样的效果。

然后输入命令

condapepper

成功启动conda的pepper环境。

频道管理

查看频道:

conda config –show channels

加入频道(安装好conda之后第一步就是添加这些频道,以便安装各种生信软件包

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

删除通道:

conda config –remove channels <此处为通道地址>删除对应的通道地址

conda的卸载

如果你是想卸载conda然后重装,那么最好先关闭相关目录进程

运行命令

fuser -km /www/soft/miniconda3/

然后

rm -rf  /www/soft/miniconda3/

 

conda的环境的退出

conda deactivate

特别提示:

如果在.bashrc文件中设置了登陆系统时自动进入canda的自定义环境,那么在本地登录系统想使用桌面的时候,一定要先退出环境,不然运行“startx”将出现错误,无法登录。

 

常用命令

查看conda

conda info

查看包

conda list

查看环境清单

conda env list

安装包,比如一些常用包

conda install gzip 
conda install fastp
conda install bwa
conda install samtools=1.9
conda install picard
conda install snpeff
conda install gatk
or
conda install  fastp  bwa picard  gatk snpeff
conda install -c bioconda fastp  bwa picard  gatk snpeff

安装指定版本包,比如snpeff v4.3

conda install snpeff=4.3 

安装samtools请指定版本,默认版本过低,强制卸载后重装命令

conda install -c bioconda samtools=1.9 --force-reinstall

有小朋友说无法安装一些包,比如gatk,那就指定频道

conda install -c bioconda gatk

删除包

conda uninstall snpeff

从当前环境中移除包

conda remove snpeff

更新某个包,比如snpeff

conda update snpeff

更新所有包

conda update --all

更新conda

conda update conda

出了各种各样不知名的错误之后可以尝试这个命令

取消自动base环境命令

conda config --set auto_activate_base false

使用自动base环境命令就是设置为true了

取消SSL命令

conda config --set ssl_verify false

删除虚拟环境

conda remove -n pepper --all

pepper为虚拟环境名称

删除虚拟环境中的某个包

conda remove --name pepper  snpeff

pepper为虚拟环境名称,snpeff为包名

 

 

 

 

 

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