conda是生物信息分析必备的环境，集成了很多优秀的软件，关键是解决了依赖包的问题，很好用。记录一下我安装conda的心得。
conda有miniconda和anaconda，我推荐还是使用miniconda吧，自己去安装一些东西，可能好使用一些。
conda的下载
https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html
下载对应版本即可，我下载的是linux的64位版本。
进入/root目录
cd /root
下载conda：
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
conda的安装
安装命令：
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
一路安装下来，最后一步，一般选择no，不把conda加入环境，避免启动系统的时候就加载conda，后面我们想办法，让他在需要的时候再启动。
如果没有选择no取消自动启动，那么登录shell的时候自动进去base环境，我们可以运行命令conda config --set auto_activate_base false来取消，如果反悔了，可以使用命令conda config --set auto_activate_base true来重新自动进入base环境。
个人习惯，我喜欢把我的东西放到一个比较大的挂载分区，一般不和系统放在一起。
我把conda安装到/www/soft/miniconda3。
安装完成之后，输入命令：
cd /www/soft/miniconda3/bin chmod 777 activate
然后把conda启动：
. ./activate
然后建立单独的自用环境
conda create -n pepper python=2
聪明人一眼就可以看出来，建立环境的作用就是可以区分python，分别建立python2和python3的环境，那么在不同的环境就可以使用不同版本python的软件。
然后把这个环境的启动加入bashrc。
输入命令：
vim ~/.bashrc
insert以下命令：
alias condapepper='. /www/soft/miniconda3/bin/activate pepper'
也可以把这条命令单独放一行，重新加载一次系统配置使得alias命令生效，并且自动进去pepper环境
source ~/.bashrc
重启一样的效果。
然后输入命令
condapepper
成功启动conda的pepper环境。
频道管理
查看频道：
conda config –show channels
加入频道（安装好conda之后第一步就是添加这些频道，以便安装各种生信软件包）
conda config --add channels bioconda conda config --add channels conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
删除通道：
conda config –remove channels <此处为通道地址>删除对应的通道地址
conda的卸载
如果你是想卸载conda然后重装，那么最好先关闭相关目录进程
运行命令
fuser -km /www/soft/miniconda3/
然后
rm -rf /www/soft/miniconda3/
conda的环境的退出
conda deactivate
特别提示：
如果在.bashrc文件中设置了登陆系统时自动进入canda的自定义环境，那么在本地登录系统想使用桌面的时候，一定要先退出环境，不然运行“startx”将出现错误，无法登录。
常用命令
查看conda
conda info查看包
conda list查看环境清单
conda env list安装包，比如一些常用包
conda install gzip conda install fastp conda install bwa conda install samtools=1.9 conda install picard conda install snpeff conda install gatk or conda install fastp bwa picard gatk snpeff conda install -c bioconda fastp bwa picard gatk snpeff
安装指定版本包，比如snpeff v4.3
conda install snpeff=4.3 安装samtools请指定版本，默认版本过低，强制卸载后重装命令
conda install -c bioconda samtools=1.9 --force-reinstall有小朋友说无法安装一些包，比如gatk，那就指定频道
conda install -c bioconda gatk
删除包
conda uninstall snpeff从当前环境中移除包
conda remove snpeff更新某个包，比如snpeff
conda update snpeff更新所有包
conda update --all更新conda
conda update conda出了各种各样不知名的错误之后可以尝试这个命令
取消自动base环境命令
conda config --set auto_activate_base false使用自动base环境命令就是设置为true了
取消SSL命令
conda config --set ssl_verify false删除虚拟环境
conda remove -n pepper --allpepper为虚拟环境名称
删除虚拟环境中的某个包
conda remove --name pepper snpeffpepper为虚拟环境名称，snpeff为包名
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